Các giới chức Ấn Độ nói tên khủng bố duy nhất còn sống sót và bị giam giữ, là người Pakistan và bày tỏ sự nghi ngờ quốc gia láng giềng có dính líu đến vụ này. Pakistan bác bỏ mọi liên hệ với cuộc tấn công và đòi hỏi những kẻ cáo buộc phải đưa ra bằng chứng. Cuộc tấn công đã tạo ra mối lo ngại trong giới chức Hoa Kỳ về khả năng có thể xảy ra chiến tranh giữa Pakistan và Ấn Độ. Hai quốc gia có võ khí nguyên tử này từ trước đến lúc này đã giao tranh ba lần, hai lần trong số này là vì khu vực tranh chấp ở Kashmir. Giới truyền thông Ấn Độ cho rằng đây là thành phần tấn công thuộc nhóm khủng bố Lashkar-e-Toliba, từ lâu nay vẫn được coi là con đẻ của cơ quan tình báo Pakistan, được thành lập nhằm giúp họ mở cuộc chiến bí mật chống Ấn Độ trong vùng tranh chấp Kashmir.[2]

Pakistan đặt Laskhar-e-Toiba ra ngoài vòng pháp luật vào năm 2002 nhưng từ đó đến lúc này có rất ít thành viên của tổ chức này bị kết tội. Một tổ chức thiện nguyện Hồi giáo có tên Jemaat-ud-Dawa đã thấy xuất hiện sau khi có lệnh cấm Laskhar-e-Toiba hoạt động và các giới chức Hoa Kỳ nói rằng đây chỉ là bình phong của tổ chức khủng bố, một điều mà nhóm Jemaat-ud-Dawa bác bỏ.[3]

Ấn Độ gọi điện đe dọa Tổng thống Pakistan?

Vào chủ nhật, 7/12, 2009, Ngoại trưởng Ấn Độ đã bác bỏ nguồn tin nói rằng ông gọi điện thoại cho tổng thống Pakistan vào lúc cao điểm cuộc tấn công của quân khủng bố ở Mumbai, khiến cho không quân Pakistan phải đặt trong tình trạng báo động, tuy nhiên các giới chức Pakistan khẳng định rằng chính ông ta, hay một người nào đó trong Bộ Ngoại giao Ấn đã gọi.[4]

Bộ trưởng Thông tin Pakistan, Sherry Rehman, nói Tổng thống Asif Ali Zardari nhận được một cú điện thoại "đe dọa" trong thời gian có cuộc tấn công và chắc chắn là đã xuất phát từ Bộ Ngoại giao Ấn. Bà không nói rõ rằng cú điện thoại này là từ Ngoại trưởng Pranab Mukherjee, nhưng hai viên chức khác nói rằng ông Mukherjee là người gọi. Giới truyền thông Pakistan đã loan tải tin tức về việc gọi điện thoại này ngày 6/12 nhưng nói rằng đây chỉ là sự giả danh. Việc có lời qua tiếng lại về cú điện thoại này cho thấy sự nguy hiểm của tình trạng không có liên lạc rõ ràng giữa hai bên và sự nghi ngờ sâu đậm giữa hai cường quốc nguyên tử Á Châu này.[5]